Són d’aquests segles les esglésies de Sant Marçal, Sant Genís i Lloret Salvatge. En el segle XII es té notícia del mercat d’Amer. A mitjan segle XII es construeix l’església de Sant Miquel, parròquia de la vila d’Amer. S’amplia l’església del monestir (altar de Sant Benet, base del campanar i actual sagristia)

· 1228 El 18 de novembre, l’abat obté, del rei Jaume I, el privilegi de notaria a favor de la parròquia de Sant Miquel, avui encara vigent.

· 1237 L’onze d’octubre, el rei Jaume I atorga a l’abat el privilegi de justícia sobre la vila d’Amer.

· 1335 El 6 de gener, l’abat Ferrer de Montrodon renuncia als “mals usos” que afligien la població remença d’Amer.És un segle de prosperitat tant per al monestir com per a la vila d’Amer, que creix considerablement amb l’impuls dels abats Ferrer de Montrodon i Bernat de Vilafreser.

Fou un segle de calamitats, que la vila i el monestir tardaren molts anys a superar.

· 1427 A les onze de la nit del 15 de març, un fort terratrèmol destrueix l’església del monestir, el claustre, l’església de Sant Miquel i les 70 o 80 cases de la vila. El conflicte remença s’aguditza i agreuja el malestar entre la població (guerres remences)

· 1461 10 d’agost: el príncep Carles de Viana, primogènit de Joan II concedeix a la vila d’Amer el privilegi de nomenar dos cònsols i sis consellers per a la vila i altres tants per a la vall i terme.

· 1478 1 de maig. El rei Joan II (d’Aragó, Navarra i comte de Barcelona) amplia el privilegi amb els drets de taverna, fleca, tall de carns, pa pastat, peix, cansalada i civada.

· 1483 Una epidèmia de pesta afegeix noves calamitats.

· 1485 El 8 de novembre es firma a Amer el compromís d’arbitratge del rei Ferran el Catòlic en conflicte remença. Molta gent abandona la vila i Amer passa un dels moments més crítics de la seva història.

· 1493 3 de novembre. El rei Ferran el Catòlic concedeix a la vila d’Amer el privilegi per nomenar batlle, amb bastó reial, assistit per un jutge, un escrivà i un agutzil. El batlle s’havia d’elegir el dia d’any nou o l’endemà, i el seu mandat començava el dia de carnestoltes.

· 1494 Amer elegeix el seu primer batlle: Antoni Conches (o Conques)

· 1497 Comença el plet amb la ciutat de Girona, que es resistia a perdre els drets i la jurisdicció sobre la vila d’Amer.

El monestir i la vila es van refent de les calamitats. La façana actual de l’església del monestir és d’aquest segle.L’església de Sant Miquel és reconstruïda.

· 1512 15 de desembre. Es promulga la sentència que clou el plet amb la ciutat de Girona,confirmant com a vàlid el privilegi de 1493 a favor de la vila d’Amer.

· 1547 5 de desembre. L’infant Felip (futur Felip II) ratifica el privilegi de 1493, a les corts de Monsó.

· 1599 30 de juny. El rei Felip III confirma d’una manera global i general dels privilegis reials concedits a Amer.

· 1640-1659 Guerra dels Segadors. Fou volada l’església de Sant Miquel, que ja no fou reconstruïda mai més (el solar és avui la plaça de Sant Miquel). L’abat Joan Antoni Climent (1675-1701) substitueix els pilars massissos de la nau central de l’església per grups de quatre columnes, avui encara existents. Són d’aquest segle la capella de Pietat i l’ermita de Santa Brígida.

· 1690-1697 Guerra del Francès. La vila és saquejada i incendiada. La vila es va reconstruint. Molts cases porten data del 1600 al dintell

S’amplia la plaça d’Amer, que ja té la forma actual. Destaca la tasca de l’abat Gaspar de Queralt ampliant el monestir. L’església s’enriqueix amb nous altars d’estil barroc, rococó o neoclàssic de fusta daurada i retaules pictòrics (foren destruïts en la totalitat durant la darrera guerra civil). Per un document de 1727 es té notícia que Amer tenia farmacèutic (Pau Borrell).

La Guerra de la Independència no té efectes particulars sobre la vila d’Amer.

· 1835 Exclaustració forçosa del monestir, incautació dels seus béns i documentació. L’últim abat fou Jaume de Llanza i de Valls. Amer comença una nova vida entre llums i ombres. El més trist fou que Amer perdia custòdia de la seva història, que quedava dispersa i alguns documents importants definitivament perduts. La guerra carlina (1872-1876) afegeix poca cosa a la història d’Amer.

· 1894 Amer acaba el segle amb un esdeveniment important: el tren d’Olot arriba a la vila, des de Girona.

· 1900 Es construeix el campanar actual amb rellotge de torre, llegat de Joan Panoleda i Carrer.

· 1936-1939 Guerra Civil. El 26 de juliol de 1936, l’església perd l’esplendor del segle XVIII, l’orgue, les campanes i part de la poca documentació que quedava.

· 1949 La vila celebra el mil·lenari de la consagració de l’església. Amb aquest esdeveniment, la vila pren consciència del seu passat i comença un moviment de recuperació de la seva identitat. També és aquest any en què es restaura la tradicional Sardana de L’Alcalde.

· 1966 25 de novembre. Esteve Pruenca i bayona llegeix la sava tesi doctoral “El domini territorial del monestir de Santa Maria d’Amer: segles IX-XIV”. Un estudi seriós, àmpliament documentat d’aquest període de la història del nostre monestir. Aquest mateix any s’acaba la construcció de la presa de Susqueda, que ha provocat un moviment migratori cap a Amer per part de gent que ha d’abandonar Susqueda. Les obres van ocupar més de mil persones durant uns quants anys.

· 1969 16 de juliol. El tren d’Olot fa l’últim viatge. La vila comença una profunda transformació del seu teixit econòmic i comença el procés d’industrialització més d’acord amb els temps.

· 1970 El Dr. Jaume Marquès publica el llibre “Amer”; és un primer intent per reconstruir la història del nostre poble.

· 1974 Els dies 7, 8, 9 i 10 de novembre es commemora el 25è aniversari del Mil·lenari de la Vila, i es contreu el compromís de celebrar cada any aquesta efemèrides amb el nom genèric de Festes de l’aniversari.

· 1975 16 d’agost. Josep Ma. De Porcioles reb la Medalla d’Or de la Vila d’Amer.

· 1982 16 d’agost. Primera visita d’un president de la Generalitat a Amer en molts segles. Jordi Pujol i Soley inaugura el nou paviment i la reforma de la Plaça de la Vila, feta amb llambordes cedides per diversos municipis de Catalunya. L’acte compta també amb la presència dels seus alcaldes. A la nit, Jordi Pujol presideix la tradicional sardana de l’alcalde.

· 1983 12 de març. L’Ajuntament concedeix la Medalla d’Or de la vila al Grup Excursionista Amerenc Esquelles per la seva tasca cívica.

· 1985 La vila d’Amer commemora els 500 anys de la signatura del Compromís en el conflicte remença.

· 1991 5 de maig. L’Ajuntament atorga la Medalla d’Or de la vila a Lluís Sidera i Pujolràs, creador del museu etnològic que porta el seu nom on es recullen eines de pagès que formen part indestriable del nostre passat.

· 1994 Amb la troballa d’un plec de privilegis, Amer commemora els 500 anys de la designació del seu primer batlle.

· 1996 2 de novembre. Es formalitza l’agermanament de la vila amb el municipi francès de Malaunay, situat a l’Alta Normandia.